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Was bedeutet das in der Praxis?

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  1. Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: DrSarez 25.08.21 - 10:44

    In dem Artikel würde ich mir noch ein wenig praktischen Bezug wünschen. Lässt sich beispielsweise beantworten, welche Ziele mit den Vorgängergenerationen erreicht wurden, wieviel besser die dritte Chipgeneration ist, welche Ziele man sich gesteckt hat oder was nun möglich ist, was vorher nicht möglich war? Wie sehe die Welt ohne diesen ASIC aus, was macht er besser?

  2. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: ms (Golem.de) 25.08.21 - 10:53

    Das geht aus dem Talk nicht hervor, es handelt sich primär um das ASIC-Design.

    Marc Sauter, Sr Editor
    Golem.de

  3. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: Fuubar 25.08.21 - 11:51

    Was mit den bisherigen Systemen (ANTON1+2) erreicht wurde läst sich ganz gut anhand der Publikationen ablesen: deshawresearch[.com]/publications.html
    Großer Vorteil dieser ASIC vs. GPUs: Sehr lange Simulationen.
    Was es zb. ermöglicht die Bindung von kleinen Molekülen an Rezeptoren zu untersuchen ohne auf "tricks" (wie zb. Metadynamics) zurückgreifen zu müssen.

    Die Welt wäre ohne diese ASIC wahrscheinlich nicht viel anders, was hauptsächlich daran liegt das nur sehr wenige zugriff auf diese Systeme haben.
    (psc[.edu]/resources/anton/)

  4. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: ixiion 25.08.21 - 12:10

    Wird dieser Chip für das Training von Neuronalen netzen verwendet die Vorhersagen können wie sich die Proteine falten oder ist das sone art „Brute force“ Chip der einfach sturr durchtestet bis er die richtige lösung berechnet hat?

  5. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: Fuubar 25.08.21 - 12:17

    Als gefühlt einziger Beitrag der HotChips hat dieser nichts mit ML/ANNs zu tun, es wird physikalisch korrekt* berechnet wie sich die Atome bewegen.

    *Es wird ein vereinfachtes Atom model genutzt, fixe atom-atom Bindungen und keine änderung der Ladung während der Simulation.

  6. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: sigii 25.08.21 - 14:06

    Wäre cool wenn ihr da noch eine Expertin findet die vlt das mehr in Kontext setzen kann.

  7. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: ms (Golem.de) 25.08.21 - 14:15

    Ich frag mal an =)

    Marc Sauter, Sr Editor
    Golem.de

  8. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: chefin 25.08.21 - 15:38

    DrSarez schrieb:
    --------------------------------------------------------------------------------
    > In dem Artikel würde ich mir noch ein wenig praktischen Bezug wünschen.
    > Lässt sich beispielsweise beantworten, welche Ziele mit den
    > Vorgängergenerationen erreicht wurden, wieviel besser die dritte
    > Chipgeneration ist, welche Ziele man sich gesteckt hat oder was nun möglich
    > ist, was vorher nicht möglich war? Wie sehe die Welt ohne diesen ASIC aus,
    > was macht er besser?

    Also jeder Taschenrechner kann Proteinfaltungen berechnen. Dauert halt etwas länger. Jetzt haben sie einen Spezialtaschenrechner der genau eines kann: Proteinfaltungen berechnen. Nicht mehr und nicht weniger und es wird auch nicht mehr.

    Das Problem bei dieser Forschungsabteilung ist, das man ein bischen wie Passwort Bruteforce vorgehen muss. Man muss eine Kombination nach der anderen testen. Und man hat wie bei langen Passwörtern ewig viele Kombinationsmöglichkeiten. Je schneller und je mehr pro Takt ich berechnen kann, desdo schneller finde ich die passende Kombination.

    Er kann aber nichts anderes als alle anderen Rechner dieser Fachrichtung. Da gibt es auch nichts sonst. Es geht nur drum, statt 3 Monate mit einem Rechnerverbund nun noch 2 Wochen zu brauchen. ASIC sind keine programmierbaren CPUs sondern festverdrahtete Logikeinheiten. Wird bei der Herstellung des Chip bereits festgelegt. Wenn wir morgen eine bessere Möglichkeit finden, einen neuen Algorythmus, muss man neue ASCIS produzieren die dann diese neuen Berechnungen durchführen. Ein Firmwareupdate gibts da nicht. Das gibt es nur für die IO-Einheit aussenherum. Die Teile welche die Ergebnisse weiter geben und neue Parameter empfangen mit denen sie ihre Rechnung ausführen.

  9. Re: Was bedeutet das in der Praxis?

    Autor: fanreisender 28.08.21 - 20:07

    Ich wills einmal in Kurzform versuchen ...
    Wenn man die räumliche Struktur eines Proteins kennt, kann man damit eine ganze Menge anstellen.
    Wie kommt man zur räumlichen Struktur?
    Die Aminosäuresequenz ist eine ganz leichte Übung. Das Protein selbst weiß fast immer spontan (Alzheimer wäre so eine Ausnahme), wie sich die lineare Kette zu einem Haufen falten muss.
    Diese Raumstruktur kann man messen, aber das ist seeeeeehr aufwendig. Das geht per Röntgenkristallstrukturanalyse oder per NMR-Spektroskopie. An Kosten kann man da durchaus mit 100 k¤ aufwärts pro Protein rechnen.
    Bekommt man die Raumstruktur halbwegs richtig vorhergesagt, reichen die heutigen moleküldynamischen Verfahren aus, die Struktur auf rein theoretischer Basis auf eine Genauigkeit zu verfeinern, die häufig den Messungen gleichwertig oder überlegen ist.

    Wenn man in historischer Zeit die Raumstruktur mit relativ geringen Anforderungen an die Genauigkeit vorhersagen kann, lassen sich eine Reihe an aufwändigen Messungen einsparen.

    Der wirklichen Herausforderung der Proteinchemie - den Zuckerbausteinen auf der Oberfläche der gefalteten Proteine - kann man ohnehin messtechnisch auf absehbare Zeit nicht zu Leibe rücken. Dafür wären Simulationen momentan der einzige Zugang.

  10. +1

    Autor: NilsP 29.08.21 - 13:50

    Das sollte mit in den Artikel!

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