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funktionsweise ?

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  1. funktionsweise ?

    Autor: Karlos2 25.04.07 - 14:08

    kann mir einer einen link oder mit weniger sätzen erklären wieso man da so viele rechner braucht ? handelt es sich hierbei um ein NP vollständiges problem ? soweit ich weiß sucht man da nach irgendwelchen enzymen oder sowas ? aber wenn so viele rechner nötig sind, dann müssen da ja wohl riesen datenmengen verarbeitet werden ?!

  2. Re: funktionsweise ?

    Autor: Marek 25.04.07 - 14:29

    Karlos2 schrieb:
    -------------------------------------------------------
    > kann mir einer einen link oder mit weniger sätzen
    > erklären wieso man da so viele rechner braucht ?
    > handelt es sich hierbei um ein NP vollständiges
    > problem ? soweit ich weiß sucht man da nach
    > irgendwelchen enzymen oder sowas ? aber wenn so
    > viele rechner nötig sind, dann müssen da ja wohl
    > riesen datenmengen verarbeitet werden ?!



    http://folding.stanford.edu/german/

  3. Re: funktionsweise ?

    Autor: qwerty 25.04.07 - 14:40

    Karlos2 schrieb:
    -------------------------------------------------------
    > kann mir einer einen link oder mit weniger sätzen
    > erklären wieso man da so viele rechner braucht ?
    > handelt es sich hierbei um ein NP vollständiges
    > problem ? soweit ich weiß sucht man da nach
    > irgendwelchen enzymen oder sowas ? aber wenn so
    > viele rechner nötig sind, dann müssen da ja wohl
    > riesen datenmengen verarbeitet werden ?!


    Man sucht nicht nach "irgendwelchen" Enzymen, sondern man versucht die Faltung von Proteinen vorauszusagen, d.h. die konkrete dreidimensionale Struktur. Ich bin mir nicht sicher, was die Startkonfiguration ist, aber falls man nur mit einer bekannten Aminosäuresequenz beginnt ist klar, wieso man soviel Rechenzeit benötigt. Das Projekt nutzt eine Molekulardynamiksimulation, d.h. man berechnet für jedes Atom die auftretenden Kräfte, mit diesen und den bekannten Atomkoordinaten neue Koordinaten und wiederholt das ganze so lange, bis ein Konvergenzkriterum erreicht wird. Wenn man jetzt berücksichtigt, daß man durchaus mehrere 10000 Atome (die je nach Modelleigenschaften möglicherweise alle miteinander interagieren!) über sicherlich einige tausend, zehntausend oder noch deutlich mehr Schritte berechnen muß wundert einen der Rechenaufwand nicht mehr.

    > http://en.wikipedia.org/wiki/Folding%40home

    > http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics

  4. Re: funktionsweise ?

    Autor: Kaktuspalme 25.04.07 - 19:56

    mich interessiert eher wie man das auf tausene von rechnern aufteilen kann, die nicht gleichzeitig rechnen, schliesslich muss man doch eigenltich immer das ergebenis von vorher wissen, um das nächste ergebnis zu erhalten oder liege ich da falsch?

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